Danau Mesangat merupakan kesatuan bentang lahan basah yang meliputi aliran sungai, rawa, dan danau yang bersifat esensial untuk keberlangsungan tumbuhan, satwa, serta manusia yang hidup di sekitarnya. Danau ini termasuk ke dalam Kawasan Ekosistem Esensial (KEE) yang perlu dilestarikan kualitasnya. Pencemaran air merupakan salah satu aspek yang perlu diperhatikan terkhusus untuk badan air seperti Danau Mesangat. Oleh karena itu, diperlukan analisa kualitas air di danau tersebut, dalam hal ini melalui penentuan status mutu air serta perhitungan daya tampung beban pencemar. Penelitian dilaksanakan di wilayah Danau Mesangat, Kabupaten Kutai Timur pada bulan Juni 2022 saat muka air surut serta terdapat keterbatasan akses, dan penelitian dilakukan dengan pengambilan sampel air permukaan danau di Danau Mesangat, Kabupaten Kutai Timur yang mengacu kepada SNI 6989.57:2008. Kemudian dilakukan analisis dan pengolahan data yaitu penentuan status mutu air menggunakan metode STORET dan Indeks Pencemaran (IP) serta dilakukan perhitungan Daya Tampung Beban Pencemaran (DTBP) Danau mengacu kepada Peraturan Menteri Negara Lingkungan Hidup No. 28 Tahun 2009. Analisis dilakukan untuk mengetahui seberapa besar tingkat pencemaran eksisting di Danau Mesangat dan untuk mengetahui seberapa besar daya tampung air di danau tersebut untuk parameter BOD. Berdasarkan pengolahan serta analisis data, didapatkan hasil bahwa mutu air di Danau Mesangat dari penggunaan metode STORET adalah cemar ringan di semua titik pengambilan sampel air dengan skor rata-rata yaitu -3,67. Penentuan status mutu air berdasarkan metode Indeks Pencemaran juga menunjukkan bahwa air di Danau Mesangat pada kondisi eksistingnya tercemar ringan dengan indeks rata-rata yaitu 2,23. Kemudian hasil dari perhitungan daya tampung beban pencemar di Danau Mesangat pada parameter BOD menunjukkan bahwa danau tersebut memiliki daya tampung beban pencemar sebesar 1034,935 ton/tahun untuk parameter BOD. Alokasi beban pencemar yang dimiliki Danau Mesangat untuk parameter BOD adalah 1300 mg/m3 . Hasil ini didapatkan berdasarkan perhitungan menggunakan data alokasi beban pencemar dari Sungai Mahakam karena minimnya referensi terkait badan air terdekat dari danau.