Wabah Covid-19 membuat proses pembelajaran yang biasanya luring menjadi pembelajaran secara daring. MAN 1 Samarinda merupakan salah satu sekolah yang melaksanakan pembelajaran daring menggunakan E-Learning Madrasah. E-Learning Madrasah adalah aplikasi pembelajaran daring yang disediakan oleh Kementerian Agama Republik Indonesia. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui persepsi siswa terhadap pembelajaran kimia secara daring menggunakan E-Learning Madrasah. Penelitian ini adalah penelitian kuantitatif deskriptif. Persepsi siswa yang diukur adalah kemudahan akses, manfaat akses,komunikasi dan interaksi, pengiriman instruksi dan kepuasan siswa. Penelitian dilaksanakan di MAN 1 Samarinda. Responden dalam penelitian ini adalah 73 siswa jurusan MIPA tahun akademik 2020/2021 yang sukarela mengisi angket. Data dikumpulkan menggunakan angket tertutup. Angket menggunakan skala Likert1-4 (sangat tidak setuju – sangat setuju) yang telah divalidasi. Wawancara dilakukan untuk memperkuat alasan dari pilihan jawaban siswa. Data hasil angket dan wawancara dianalisis untuk mendapatkan kesimpulan. Hasil penelitian menunjukkan bahwa siswa setuju penggunaan E-Learning Madrasah dalam pembelajaran kimia secara daring mudah diakses; bermanfaat dalam pembelajaran; dan baik dalam menjalankan komunikasi; interaksi; dan pengiriman instruksi, dan siswa puas terhadap pembelajaran kimia menggunakan E-Learning Madrasah. E-Learning Madarsah dapat dijadikan pilihan dan bahan pertimbangan bagi guru kimia dalam pembelajaran secara daring.