Telah dilakukan penelitian dimana dalam penelitian ini bertujuan untuk mengetahui penggunaan senyawa Nafion sebagai membran dalam sistem Proton Exchange Membrane (PEM )Fuel Cells yang berperan sebagai tempat pertukaran proton (H+ ).Setelah dilakukan pengkajian dan perhitungan secara kimia komputasi dengan menghitung nilai energi optimasi dan energi orbital molekul yang diperoleh dalam bentuk energi HOMO dan LUMO.Perhitungan nilai tersebut dilakukan dengan menggunakan perhitungan metodeDensity Function Theory (Teori fungsi kerapatan). Hasil analisis menunjukkan nilai energi Nafion sebesar - 0.04358 x 10-18 J dan energy Nafion setelah membawa proton (H+ ) sebesar -0.07629 x 10-18 J. Dalam hal ini di buktikan bahwa dalam sistem PEM terjadi pertukaran proton (H+ ) ditandai dengan adanya peningkatan energy aktifitaselektron. Kata kunci: Proton Exchange Membrane, Fuel Cells , Nafion,, Proton (H+),aktifitaselektron, teori fungsi kerapatan, energi HOMO, energi LUMO