Dalam praktek penegakan hukum terhadap tindak pidana korupsi, dalam tuntutan pidana terdapat inkonsistensi dalam memaknai dan menerapkan ketentuan pasal 2 ayat (1) dan pasal 3 UU No. 31 tahun 1999 Jo UU No. 20 tahun 2001, terkait pengkualifikasian perbuatan yang masuk kedalam rumusan unsur secara melawan hukum atau penyalahgunaan wewenang, sehingga telah menciptakan ketidakpastian hukum terkait dengan beragamnya penafsiran unsur-unsur di kedua pasal tersebut. Penelitian ini didasarkan pada metode penelitian dengan pendekatan doktrinal, dengan dipergunakan analisa data secara kualitatif, dengan menganalisa hubungan antar norma atau peraturan-peraturan terkait tindak pidana korupsi, menganalisis isi dan asas-asas hukum yang berlaku dengan menghubungkan implementasi norma tersebut, dengan menggunakan pendekatan perundangundangan (statute approach), pendekatan historis (historichal approach) dan pendekatan kasus (case approach). Berdasarkan hasil penelitian, unsur secara melawan hukum sebagaimana dalam pasal 2 ayat (1) UU No. 31 tahun 1999 Jo UU No. 20 tahun 2001 mencakup perbuatan melawan hukum dalam arti formil maupun dalam arti materiil, namun pasca putusan Mahkamah Konstitusi Nomor 003/PUU-IV/2006, secara melawan hukum dalam penjelasan Pasal 2 ayat (1) dalam arti materiil tidak mempunyai kekuatan hukum mengikat. Sedangkan menyalahgunakan kewenangan sebagaimana dalam pasal 3 UU No. 31 tahun 1999 Jo UU No. 20 tahun 2001, merupakan salah bentuk perbuatan melawan hukum dalam lingkup kewenangan pelaku karena kedudukan atau jabatan. Sehingga terhadap penggunaan pasal 3 ini ditujukan bagi pegawai negeri, pejabat negara atau penyelenggara negara. Akan tetapi rumusan menyalahgunakan kewenangan dalam hukum tindak pidana korupsi, belum ada ukuran yang pasti yang dapat digunakan untuk menentukan dan menilai telah terjadinya suatu penyalahgunaan wewenang. Antara melawan hukum dan menyalahgunakan kewenangan saling beririsan, sehingga dalam implementasi penegakkan hukum tindak pidana korupsi, unsur secara melawan hukum dalam dan unsur menyalahgunakan kewenangan, terdapat inkonsistensi pemaknaannya dalam tuntutan pidana. Dalam konteks ini masih terdapat perbedaan pemaknaan dalam menentukan suatu perbuatan sebagai perbuatan melawan hukum atau perbuatan menyalahgunakan kewenangan, sehingga memunculkan adanya ketidakpastian hukum dan disparitas tuntutan pidana.