Selama pandemi Covid-19proses pembelajaran yang biasanya dilakukan secara luring menjadi pembelajaran secara daring. MAN 1 Samarinda adalah salah satu sekolah yang sudah melaksanakan pembelajaran daring menggunakan E-Learning Madrasahyang disediakan oleh Kementerian Agama Republik Indonesia.Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui perbedaan persepsi siswa berdasarkan gender tentang pembelajarankimia secara daring menggunakan E-Learning Madrasah. Persepsi yang diukur adalah aspek kemudahan akses, manfaat, komunikasi dan interaksi, pengiriman instruksi, dan kepuasaan siswa. Responden dalam penelitian ini adalah 19 orang laki-laki dan 49 orang perempuan kisaran usia 15-17 tahun. Responden adalah sukarelawan atau siswa yang bersedia mengisi angket yang berasal dari siswa-siswi kelas X dan XI IPA di MAN 1 Samarinda tahun ajaran 2020/2021. Penelitian ini menggunakan metode penelitian kuantitatif komparatif.Teknik pengumpulan data menggunakan angket dan wawancara.Hasil penelitian menunjukkan bahwa siswa laki-laki dan perempuan mempunyai persepsi yang sama tentang pembelajaran kimia secara daring menggunakan E-Learning Madrasah. Siswa laki-laki dan perempuan setuju bahwa E-Learning Madrasah mudah diakses, bermanfaat dalam proses pembelajaran, sebagai media komunikasi dan interaksi yang baik,sebagai media pengiriman instruksi yang jelas, dan siswa puas dalam menggunakan E-Learning Madrasah.