Pandemi Covid-19 telah meningkatkan cakupan pelayanan oleh Kantor Kesehatan Pelabuhan Kelas II Balikpapan, dengan ketersediaan pegawai yang terbatas telah berdampak pada timbulnya kelelahan kerja pada pegawai.. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui prevalensi kelelahan kerja dan hubungan antara beban kerja, jam kerja, dan stres kerja dengan kelelahan kerja pada pegawai Kantor Kesehatan Pelabuhan Kelas II Balikpapan. Penelitian cross sectional telah dilakukan pada bulan Oktober sampai November 2021 terhadap 50 responden (total sampling) dengan menggunakan alat ukur kuesioner. Variabel penelitian terdiri dari beban kerja, jam kerja, stres kerja, dan kelelahan kerja, analisis data menggunakan uji Cramers’V dengan tingkat kemaknaan 95% (α=0,05). Hasil penelitian menunjukkan meyoritas pegawai mengalami kelelahan sedang sebanyak 30 (60%), 15 pegawai (30%) mengalami kelelahan kerja ringan dan 5 pegawai (10%) mengalami kelelahan kerja berat. Ada hubungan antara beban kerja (0,020), jam kerja (0,040), dan stres kerja (0,017) dengan kelelahan kerja pada pegawai Kantor Kesehatan Pelabuhan Kelas II Balikpapan. Disarankan kepada instansi untuk melakukan pengukuran kelelahan kerja pada pegawai Kantor Kesehatan Pelabuhan Kelas II Balikpapan dan mengadakan family gathering dan para pegawai dapat disiplin dalam menggunakan alat pelindung diri saat bertugas dan menjaga waktu istirahat yang cukup.