Gangguan kecemasan merupakan suatu gangguan psikologi yang berhubungan dengan adanya gangguan mental, di mana menyebabkan penderitanya mengalami rasa cemas yang besar dan berlebihan yang disertai dengan beberapa tanda dan gejala tertentu, sehingga diperlukan sistem yang dapat membantu meminimalisir permasalahan tersebut. Penelitian ini membahas sistem pakar yang dibangun untuk mendiagnosis penyakit bipolar disorder dengan membandingkan metode Naive Bayes (NB) dan Certainty Factor (CF). Metode NB yang digunakan untuk memprediksi keanggotaan suatu class dengan pendekatan probabilitas untuk menghasilkan klasifikasi, sedangkan metode CF untuk mencari nilai kepastian dari penyakit. Data yang digunakan terdiri dari 26 gejala penyakit dan 3 kategori penyakit bipolar disorder yaitu bipolar disorder mania, bipolar disorder campuran dan bipolar disorder depresi. Hasil keluaran berupa diagnosis dari metode CF dan NB. Berdasarkan pengujian 120 data uji dengan metode penelusuran Forward Chaining dan menggunakan pengujian akurasi, menunjukkan bahwa metode NB memiliki presentase akurasi 79,167%, sedangkan metode CF presentase akurasi 85%. Berdasarkan hasil pengujian tersebut menunjukkan bahwa terdapat perbedaan nilai sehingga diperoleh kesimpulan metode CF lebih akurat dalam mendiagnosis penyakit bipolar disorder.
Kata Kunci : Bipolar Disorder, Naive bayes, Certainty Factor.