Kulit buah melon, manggis dan pepaya mengandung nutrisi yang tak kalah lengkap dari daging buahnya, sehingga berpotensi dijadikan bahan baku pembuatan minuman probiotik. Penelitian ini bertujuan untuk membuat minuman probiotik berbasis kulit buah melon, manggis dan pepaya menggunakan starter Lactobacillus casei strain Shirota. Adapun tujuan khusus dari penelitian ini yaitu untuk mengetahui karakteristik Lactobacillus casei strain Shirota, dan mengetahui karakteristik serta aseptabilitas fisik minuman probiotik berbasis kulit buah melon, manggis dan pepaya yang dibuat menggunakan starter Lactobacillus casei strain Shirota. Metode penelitian ini merupakan penelitian eksperimental laboratorik. Hasil penelitian didapatkan Lactobacillus casei strain Shirota dengan karakteristik : koloni berbentuk bulat, permukaan licin, elevasi cembung, tepi rata, warna putih susu, sel berbentuk batang dan berantai pendek, bersifat Gram positif, tidak berspora, non-motil, homofermentatif, katalase dan indol negatif, dapat memfermentasi glukosa, sukrosa dan laktosa, tidak mampu memproduksi hidrogen sulfida (H2S) dan tidak menghidrolisis gelatin. Karakteristik minuman probiotik kulit buah melon (F1), manggis (F2) dan pepaya (F3) diperoleh nilai pH berturut-turut 3,87; 3,89 dan 3,73. Kadar protein berturut - turut 6,71%; 4,69% dan 4,09%. Total bakteri asam laktat berturut - turut 3,92 x 107 CFU/mL; 2,71 x 106 CFU/mL dan 1,13 x 106 CFU/mL. Aseptabilitas fisik minuman probiotik kulit buah melon (F1), manggis (F2) dan pepaya (F3) memperoleh rerata skor hedonic berturut - turut 3,59; 3,49 dan 3,46 skala 1-5. Analisis metode De Garmo menunjukkan minuman probiotik kulit buah melon (F1) merupakan perlakuan terbaik yang paling disukai panelis.