Penelitian ini bertujuan untuk menguji secara empiris pengaruh pemanfaatan teknologi informasi, sistem pengendalian intern dan penerapan standar akuntansi pemerintahan terhadap kualitas laporan keuangan pemerintah dan implikasinya terhadap Good Governance perguruan tinggi negeri wilayah Kalimantan Timur. Penelitian ini dilakukan di 4 perguruan tinggi negeri wilayah Kalimantan Timur yaitu Politeknik Negeri Samarinda, Politeknik Pertanian Negeri Samarinda, Politeknik Negeri Balikpapan dan Institut Teknologi Balikpapan dengan menggunakan sampel sebanyak 55 responden. Metode pengumpulan data menggunakan kuesioner, sedangkan alat analisis data yang digunakan adalah Partial Least Square (PLS). Hasil penelitian menunjukkan bahwa : (1) Pemanfaatan teknologi informasi berpengaruh positif namun tidak signifikan terhadap kualitas laporan keuangan; (2) SPI berpengaruh positif namun tidak signifikan terhadap kualitas laporan keuangan; (3) Penerapan SAP berpengaruh positif dan signifikan terhadap kualitas laporan keuangan; (4) Kualitas laporan keuangan berpengaruh positif dan signifikan terhadap Good Governance; (5) Pemanfaatan teknologi informasi berpengaruh positif namun tidak signifikan terhadap Good Governance; (6) SPI berpengaruh positif namun tidak signifikan terhadap Good Governance; (7) Penerapan SAP berpengaruh positif namun tidak signifikan terhadap Good Governance; (8) Pemanfaatan teknologi informasi berpengaruh positif terhadap Good Governance melalui kualitas laporan keuangan; (9) SPI berpengaruh positif terhadap Good Governance melalui kualitas laporan keuangan; (10) Penerapan SAP berpengaruh positif terhadap Good Governance melalui kualitas laporan keuangan.