Stunting adalah kondisi dimana balita memiliki panjang atau tinggi badan yang kurang jika dibandingkan dengan umur. Stunting termasuk masalah gizi kronik yang disebabkan oleh banyak faktor salah satunya adalah defiseiensi mikronutrien. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui hubungan asupan zat besi, zink, kalsium dengan kejadian stunting di Puskesmas Wonorejo dan Puskesmas Palaran Samarinda. Jumlah sampel pada penelitian ini yaitu 98 responden yang terdiri dari 49 responden kelompok kasus dan 49 responden kelompok kontrol. Penentuan sampel kelompok kontrol diperoleh berdasarkan matching menggunakan kriteria usia dan jenis kelamin. Data kemudian di analisis menggunakan uji chi square. Hasil penelitian ini yaitu terdapat hubungan yang signifikan antara asupan zat besi dengan kejadian stunting dengan p-value = 0,005 (p 0,05), terdapat hubungan yang signifikan antara asupan zink dengan kejadian stunting dengan p-value = 0,001 (p kurang dari 0,05), terdapat hubungan yang signifikan antara asupan kalsium dengan kejadian stunting dengan p-value = 0,000 (p kurang dari 0,05).