Penyakit pada sistem pencernaan sering terjadi saat seseorang tidak menjaga pola hidup sehat sehingga dapat mengakibatkan tubuh kekurangan energi. Penerapan sistem pakar dalam mendiagnosa penyakit pada pencernaan, diharapkan dapat membantu masyarakat dalam mengetahui jenis penyakit pencernaan yang sedang dialami. Metode yang digunakan ialah Certainty Factor, karena dapat memudahkan pengguna dalam memilih gejala-gejala penyakit pencernaan beserta nilai kepercayaan akan gejala tersebut. Hasil dari penelitian ini ialah sistem dapat menampilkan jenis penyakit pencernaan yang diderita beserta nilai kepercayaan dan saran berupa jenis tanaman obat sebagai alternatif penyembuhan. Berdasarkan hasil pengujian akurasi, didapatkan nilai sebesar 77,12%. Sehingga, dapat disimpulkan bahwa sistem pakar yang telah dibangun layak untuk digunakan.
Kata kunci : Sistem Pakar, Penyakit Pencernaan, Certainty Factor, Tanaman Obat.