Terjadinya kesenjangan sosial ekonomi dapat menyebabkan kelumpuhan perkembangan negara. Pemerintah membutuhkan data yang kuat sehingga Pemerintah dapat membuat kebijakan yang tepat untuk mengatasi permasalahan tersebut. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis perbandingan cluster kelompok Sosial Ekonomi Masyarakat di kota Samarinda. Metode yang digunakan dalam penelitian ini yaitu Single Linkage dan Fuzzy C-Means. Data yang digunakan dalam penelitian ini adalah data Masyarakat Samarinda yang diperoleh dari Badan Pusat Statistik Kalimantan Timur sejumlah 701 data. Melalui penelitian ini diketahui bahwa clustering dengan Single Linkage menghasilkan 698 data masuk ke C1 (Kelas Bawah), 1 data masuk ke C2 (Kelas Menengah Bawah), 1 data masuk ke C3 (Kelas Menengah) dan 1 data masuk ke C4 (Kelas Atas). Sedangkan menurut hasil clustering menggunakan metode Fuzzy C-Means, 235 data masuk ke C1 (Kelas Bawah), 144 data masuk ke C2 (Kelas Menengah Bawah), 123 data masuk ke C3 (Kelas Menengah) dan 199 data masuk ke C4 (Kelas Atas). Berdasarkan nilai Silhouette Coefficient, metode Single Linkage metode Single Linkage lebih baik dibandingkan metode Fuzzy C-Means karena memiliki rata-rata Silhouette Coefficient yang lebih mendekati 1. Melalui tahap evaluasi menggunakan Simpangan Baku diketahui metode Single Linkage adalah metode dengan kinerja terbaik pada penelitian ini karena memiliki nilai Rasio yang paling kecil yaitu 0,16639634 dibanding Rasio metode Fuzzy C-Means yaitu 0,610538371. Sehingga dapat disimpulkan bahwa metode Single Linkage adalah metode dengan kinerja terbaik pada penelitian ini.