Kalimantan Timur memiliki beberapa varietas tanaman padi lokal dengan sifat-sifat unggul, diantaranya adalah kualitas rasa yang tinggi dan tahan terhadap cekaman lingkungan abiotik seperti kekeringan. Adaptasi tanaman terhadap cekaman kekeringan melibatkan perubahan ekspresi gen-gen yang merespons terhadap cekaman kekeringan.
Penelitian ini bertujuan untuk mengamplifikasi gen toleransi terhadap cekaman kekeringan pada tanaman padi dan mendapatkan primer yang paling efektif yang dapat digunakan untuk menyeleksi tingkat toleransi padi lokal Kalimantan Timur terhadap cekaman kekeringan dengan menggunakan primer spesifik RM212, RM302 dan RM3825. Tahap kegiatan penelitian meliputi: persiapan sampel daun tanaman padi, ekstraksi DNA, uji kualitas dan kuantitas DNA, amplifikasi menggunakan primer spesifik RM212, RM302 dan RM3825 serta analisis data dengan mengamati keberadaan pita DNA spesifik untuk toleransi tanaman terhadap kekeringan.
Hasil penelitian menunjukkan amplifikasi gen toleransi terhadap cekaman kekeringan pada tanaman padi berhasil dilakukan dengan didapatkan 18 kultivar padi nasional dan lokal yang toleran terhadap kekeringan, yaitu IR64, Jalamengo, Mayas, Kawit, Bentian, Ritam, Bogor Hitam, Bogor Putih, Sungkai, Tumiyang, Melak, Bogor, Serai Gunung, Ketan Mayas, Pulut Linjuang, Ketan Lekatan, Ketan Putih dan Ketan Putek Iting, berdasarkan amplifikasi mengunakan RM212 dan terkonfirmasi oleh primer RM302. Primer yang paling efektif dan dapat digunakan untuk menyeleksi tingkat toleransi padi lokal Kalimantan Timur terhadap cekaman kekeringan pada tanaman padi, yaitu primer RM212 dan RM302 yang ditandai dengan pita DNA spesifik. Primer tersebut dapat mengamplifikasi gen toleransi terhadap kekeringan pada tanaman kontrol toleran dan mengelompokkan tingkat toleransi tanaman padi lokal Kalimantan Timur yang dicobakan.