Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus-2 (SARS-CoV-2) merupakan virus penyebab COVID-19. Salah satu kandidat target potensial dari SARS-CoV2 ialah protease utama (Mpro atau 3CLpro). Penelitian ini bertujuan mengetahui bentuk interaksi senyawa dari daun kelor dengan protein target serta untuk mengetahui senyawa yang berpotensi sebagai inhibitor Protease Utama SARS CoV-2 dengan penambatan molekuler. Struktur dari SARS CoV-2 sebagai molekul target yang diperoleh dari database PDB (ID: 5R84 dan ID: 6LU7) sebagai ligan alami. Studi dilakukan dengan validasi pada ligan alami dengan reseptor, dinyatakan valid jika nilai RMSD kurang dari 2Ǻ. Selanjutnya, senyawa uji dipreparasi dengan menggunakan Chemdraw Pro 15.0, setelah itu senyawa uji dilakukan penambatan terhadap protein target untuk memperoleh nilai energy binding dan nilai KI menggunakan aplikasi Autodock Tools. Kemudian, dilakukan visualisasi dari hasil penambatan untuk melihat bentuk interaksi dengan aplikasi Discovery Studio Visualizer. Senyawa uji yang diperoleh diprediksi enam sifat fisikokimia, lipofilisitas, farmakokinetik, kelarutan dan Drug Likeness. Hasil pengujian yang telah dilakukan diperoleh bentuk interaksi yang stabil dari senyawa uji karena adanya ikatan hidrogen, interaksi hidrofobik serta interaksi dengan active site. Dari hasil penelitian diperolerh senyawa yang memiliki potensi dalam menghambat protease utama dari SARS-CoV-2 yaitu senyawa 12 (Niazicin) dan senyawa 14 (Niaziridin). Hasil ini menunjukkan bahwa senyawa metabolit sekunder dari daun kelor dapat diprediksi memiliki aktivitas dalam menghambat protease utama SARS-CoV-2. Tetapi perlu dilakukan pengujian lebih secara in-vitro dan in-vivo.