Main protease berperan untuk memediasi proses replikasi dan transkripsi yang terjadi pada virus. Senyawa bahan alam turunan flavonol dan auron dipercaya sebagai inhibitor potensial terhadap main protease. Pada studi ini dilakukan re-docking ligan native N3 serta docking molekular senyawa turunan flavonol dan auron menggunakan Autodock 4.2 terhadap protein virus main protease 6LU7. Hasil energi ikatan untuk re-docking ligan native N3 sebesar -9,34 kcal/mol dan nilai energi ikatan untuk docking molekular senyawa flavonol dan auron dari -8,51 ke -7,38 kcal/mol. Berdasarkan dari nilai energi ikatan, senyawa yang memiliki potensi sebagai inhibitor Mpro adalah senyawa 4’,7-dihidroksi 3- metoksi flavonol. Hal ini yang didukung juga dengan nilai ligan efisiensi dan inhibitor konstan untuk senyawa tersebut sebesar -0,41 dan 0,58 µM.