Antraknosa merupakan salah satu penyakit pada tanaman tomat yang dapat menyebabkan kerugian langsung secara ekonomis bagi petani. Penyakit ini disebabkan oleh jamur Colletotrichum coccodes dengan gejala bintik bintik kecil yang berwarna kehitam-hitaman pada buah tomat, selanjutnya buah mengkerut, kering dan membusuk. Jamur endofit merupakan pengendalian hayati yang aman dan ramah lingkungan. Jamur endofit merupakan jamur yang terdapat di dalam jaringan tumbuhan hidup, mampu hidup dengan membentuk koloni dalam jaringan tanpa membahayakan inangnya dan tidak menyebabkan tanaman sakit. Penelitian bertujuan untuk mengetahui jenis jamur endofit pada tanaman tomat serta untuk mengetahui jamur endofit sebagai pengendali penyakit antraknosa pada tomat.
Penelitian dilakukan dengan mengambil sampel tanaman di Kelurahan Lempake Kecamatan Samarinda Utara, yang selanjutnya diuji antagonis antara jamur-jamur endofit yang ditemukan terhadap patogen penyebab penyakit antraknosa.
Hasil penelitian menunjukkan bahwa ada 4 (empat) genus jamur endofit pada tanaman tomat yaitu Aspergilus flavus, Aspergillus niger, Trichoderma sp., dan Rhizopus sp. Uji antagonis menunjukkan bahwa jamur Aspergilus flavus menekan 33,17%, jamur Aspergillus niger menekan 36,43% dan jamur Rhizopus sp. menekan 38,37% terhadap patogen jamur Antraknosa. Jamur Trichoderma sp. memiliki kemampuan tertinggi dalam mengendalikan penyakit antraknosa yaitu 43,34%.