Penelitian bertujuan untuk mengetahui penyakit penting tanaman padi danpenyebab nya, serta jamur-jamur endofit pada tanaman padi dan potensinya sebagai agens pengendali hayati Lokasi pengambilan sampel di Kelurahan Lempake Kecamatan Samarinda Utara Kota Samarinda. Penelitian ini dilaksanakan di Laboratorium Ilmu Hama Penyakit Tumbuhan Fakultas Pertanian Universitas Mulawarman. Kegiatan dilaboratorium meliputi isolasi, identifikasi dan uji daya antagonis menggunakan tanaman padi sehat untuk memperoleh jamur endofit dan tanaman padi sakit yang menimbulkan gejala untuk memperoleh cendawan patogen. Metode yang digunakan adalah dengan menggunakan Rancangan Acak Lengkap (RAL). Hasil penelitian menunjukkan bahwa jamur endofit yang terisolasi pada tanaman padi dari lokasi penelitian di Kelurahan Lempake, Kecamatan Samarinda Utara terdapat 3 jenis yaitu: Trichoderma sp., Aspergillus niger dan Mucor sp., sedangkan jamur patogen yang ditemukan menyerang tanaman padi yaitu Cercospora sp. dan Rhizoctonia Solani. Berdasarkan hasil uji antagonis secara in-vitro bahwa ketiga jamur endofit terhadap dua cendawan patogen memiliki besaran hambatan rata-rata diatas 50% tingkat tertinggi penghambatan yaitu Trichoderma sp. vs Rhizoctonia dengan daya hambatan (89,20%).