Siklus menstruasi dianggap sebagai indikator yang relevan dari kesehatan resproduksi wanita, apabila terjadi perubahan pada siklus tersebut dapat mempengaruhi kualitas hidup wanita. Penelitian bertujuan untuk mengetahui hubungan aktivitas fisik dan tingkat stres dengan siklus menstruasi pada mahasiswi Fakultas Kedokteran Universitas Mulawarman. Penelitian menggunakan desain analitik observasional dengan metode cross sectional. Uji statistik analitik menggunakan uji Chi-Square. Hasil menunjukkan bahwa mahasiswi yang mengalami siklus menstruasi normal sebesar 66% dan tidak normal sebesar 34%. Aktivitas fisik ringan sebesar 5,7%, aktivitas fisik sedang sebesar 68,7% dan aktivitas fisik berat sebesar 25,7%. Tingkat stres ringan sebesar 6,4%, tingkat stres sedang sebesar 83,4% dan tingkat stres berat sebesar 10,2%. Hubungan aktivitas fisik dengan siklus menstruasi menunjukkan nilai p = 0,215 dan hubungan tingkat stres dengan siklus menstruasi menunjukkan nilai p = 0,000. Disimpulkan bahwa aktivitas fisik tidak berhubungan dengan siklus menstruasi dan tingkat stres berhubungan dengan siklus menstruasi pada mahasiswi Fakultas Kedokteran Universitas Mulawarman.