Malaria merupakan salah satu masalah kesehatan di Indonesia. Rumah Sakit Kanujoso Djatiwibowo Balikpapan merupakan Rumah Sakit rujukan untuk daerah Balikpapan, Penajam Paser Utara dan Paser. Kabupaten Penajam Paser Utara adalah Kabupaten dengan insidensi malaria terbanyak di Kalimantan Timur. Pada malaria terjadi perubahan hematologi salah satunya adalah trombositopenia. Beberapa penelitian menyebutkan keterlibatan trombositopenia dengan kejadian malaria berat. Untuk mengetahui hubungan derajat trombositopenia dengan malaria berat pada pasien malaria yang dirawat di Rumah Sakit Kanudjoso Djatiwibowo Balikpapan 2013-2017. Penelitian ini menggunakan metode penelitian observasional analitik dengan desain penelitian cross sectional. Sampel diambil dari rekam medik pasien di Instalasi Rekam Medik Rumah Sakit Kanujoso Djatiwibowo Balikpapan periode 2013-2017 dengan sampel penelitian berjumlah 81 pasien. Hasil penelitian menunjukkan bahwa pasien malaria paling banyak mengalami trombositopenia ringan dan sedang yakni 59,26% (48 pasien), kemudian 3,70% (3 pasien) diantaranya mengalami malaria berat. Selanjutnya 40,74% ( 33 pasien) mengalami trombositopenia berat dengan 9,88% (8 pasien) diantaranya mengalami malaria berat. Dari uji analisis fisher terdapat hubungan antara derajat trombositopenia dengan malaria berat pada pasien malaria di Rumah Sakit Kanudjoso Djatiwibowo Balikpapan dengan nilai signifikansi sebesar p=0,043 (p < 0,05).