Siklus menstruasi yang tidak teratur merupakan salah satu masalah yang paling sering dialami oleh remaja puteri, seperti pada mahasisiwi Fakultas Kedokteran Universitas Mulawarman. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui hubungan frekuensi konsumsi dan jenis junk food dengan siklus menstruasi pada mahasiswi Fakultas Kedokteran Universitas Mulawarman. Penelitian ini merupakan penelitian observasional analitik dengan desain cross-sectional. Subjek pada penelitian ini adalah 66 orang mahasiswi Fakultas Kedokteran Universitas Mulawarman dan dipilih secara non-random dengan metode consecutive sampling. Instrumen yang digunakan untuk mengukur frekuensi konsumsi dan jenis junk food pada penelitian ini adalah Food Frequency Questionnaire (FFQ). Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa kebanyakan responden berusia 20 tahun, mengalami menarche pada rentang usia 8 hingga 14 tahun, dan memiliki Indeks Massa Tubuh (IMT) normal. Sebagian besar responden mengalami siklus menstruasi yang teratur (51,5%), mengonsumsi junk food sebanyak 2-3 hari/minggu (39,4%), dan mengonsumsi makanan dari daging olahan maupun makanan yang mengandung banyak gula (21,2%). Dari hasil uji regresi logistik didapatkan Chi square hitung lebih kecil dari Chi square tabel dan sig. lebih besar dari 0,05. Kesimpulan pada penilitian ini adalah tidak terdapat hubungan antara frekuensi konsumsi dengan siklus menstruasi yang dialami responden dan tidak terdapat hubungan antara jenis junk food dengan siklus menstruasi yang dialami responden.