Bakteri endofit merupakan bakteri yang tumbuh di dalam jaringan tanaman. Bakteri endofit dapat menghasilkan senyawa metabolit sekunder yang dapat dimanfaatkan sebagai antibakteri. Pada penelitian ini dilakukan isolasi bakteri endofit dari daun Ciplukan (Physalis angulata L.) dan diproduksi metabolit sekundernya. Ekstrak-ekstrak kasar bakteri endofit selanjutnya dilakukan uji fitokimia dan uji aktivitas antibakteri. Sebanyak 26 koloni tunggal bakteri endofit berhasil diisolasi dari daun Ciplukan. Ekstrak-ekstrak kasar bakteri endofit positif mengandung flavonoid, saponin, alkaloid dan triterpenoid. Hasil uji aktivitas antibakteri menunjukkan ekstrak-ekstrak kasar bakteri endofit memiliki aktivitas antibakteri terhadap Salmonella typhi ATCC 422 dengan diameter terbesar 10,67 mm dengan kode C5, Staphylococcus aureus ATCC 25923 yaitu 9,17 mm dengan kode C21, Propionibacterium acne KCCM 41747 yaitu 12 mm dengan kode C10, Streptococcus sobrinus KCCM 11898 yaitu 15,17 mm dengan kode C16 dan Streptococcus mutans ATCC 25175 dengan kode C18.