Bakteri Escherichia coli merupakan Coliform fecal yang berasal dari usus manusia maupun hewan berdarah panas. Bakteri Escherichia coli dapat ditemukan di alam umumnya ditemukan di perairan maupun di endapan sedimen. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui sebaran bakteri dan kesesuaian baku mutu kualitas air untuk keberadaan bakteri Escherichia coli. Di alam bakteri bermanfaat sebagai pendegradasi bahan organik namun, jika jumlah bakteri ini berlebih maka dapat menjadi indikator biologi adanya pencemaran perairan. Pengambilan sample hingga penelitian ini dilaksanakan mulai pada bulan Januari-Maret 2020 di Perairan Pulau Miang Besar. Pengambilan sampel dilakukan pada stasiun yang berada di ekosistem terumbu karang, lamun dan mangrove serta pemukiman masyarakat. Metode penelitian yang digunakan adalah metode MPN (Most Probable Number) untuk uji laboratorium. Hasil uji laboratorium kemudian dianalisis secara deskriptif kualitatif. Hasil uji MPN dari penelitian ini menunjukkan bahwa terdapat bakteri Escherichia coli di perairan Pulau Miang Besar. Hasil yang didapatkan rata- rata pada ekosistem lamun 11 MPN/ml, ekosistem mangrove 2 MPN/ml dan pemukiman 9 MPN/ml bakteri Eschericia coli di perairan sedangkan di sedimen didapatkan rata-rata pada ekosistem terumbu karang 3 MPN/ml, ekosistem lamun 1,3 MPN/ml, ekosistem mangrove 3 MPN/ml, dan pemukiman 20 MPN/ml. Berdasakan KEPMEN-LH Nomor 51 tahun 2004 hasil uji keberadaan bakteri Escherichia coli sesuai baku mutu air laut.