Tempe merupakan satu diantara makanan asli masyarakat Indonesia yang terbuat dari kacang kedelai melalui proses fermentasi dengan menggunakan beberapa jenis kapang Rhizopus sp. Walaupun demikian terdapat banyak jenis bakteri yang terlibat, antara lain Klebsiella pneumoniae yang diketahui menghasilkan vitamin B12 yang terdapat dalam tempe. Jenis bakteri lainnya adalah Citrobacter freundii yang dilaporkan menghasilkan asam sialat, yaitu satu jenis karbohidrat dengan rantai C-9 yang mempunyai fungsi sebagai bioaktif antara lain anti-ageing, anti-cancer, meningkatkan imunitas. Dilain pihak keragaman mikroba pada tempe sangat dipengaruhi oleh lingkungan fermentasinya. Penelitian ini bertujuan untuk mengekspolarasi kemungkinan adanya asam sialat dari berbagai jenis tempe (tempe kemasan plastik, tempe kemasan daun dan tempe gembos kemasan plastik) dan isolasi DNA serta PCR 16S-DNA untuk digunakan dalam analisis selanjutnya, yaitu keragaman mikrobanya. Pada analisis asam sialat dilakukan dengan enam ulangan, sedangkan untuk isolasi DNA digunakan dua ulangan. Data kandungan asam sialat dalam tenpe dianalisis dengan ANOVA, sedangkan hasil isolasi DNA dari tempe dan hasil PCR 16S-DNA dianalisis secara deskriptif. Ketiga jenis tempe yang diuji mengandung asam sialat (mean ± CI 95%) yang berbeda nyata (p < 0,05) dengan kadar (0.03847±0.046759), (0.02765±0.001461), dan (0.05520±0.034815), masing-masing untuk tempe kemasan plastik, tempe kemasan daun dan tempe gembus kemasan plastik. Isolasi DNA dari contoh tempe menggunakan DNA Isolation Kit dari Zymobiomics mini prep kit D4300 dapat menghasilkan DNA dengan jumlah yang cukup dan berkualitas baik yang dibuktikan melalui visualisasi pada gel elektroforesis DNA.
Kata kunci: tempe , asam sialat, isolasi DNA, Rhizopus, Klebsiella, Citrobacter.