Daerah tertinggal umumnya adalah daerah kabupaten yang kondisinya relatif kurang berkembang dibandingkan daerah lain dalam skala nasional. Penentuan desa tertinggal seringkali dilakukan dalam rangka menetapkan penyaluran bantuan pemerintah agar bantuan tersebut dapat disalurkan dengan tepat. Identifikasi daerah tertinggal dilakukan berdasarkan sarana, prasarana, akses, sosial, penduduk serta ekonomi disediakan dalam data Potensi Desa (PODES). Konsep pengelompokkan berbasis wilayah atau spasial dilakukan untuk mengetahui karakteristik tertentu pada suatu daerah. HDBSCAN adalah konsep pengelompokkan dengan menggunakan parameter Mpts. Tujuan penelitian ini adalah mengetahui banyak cluster yang terbentuk pada pengelompokkan wilayah desa/kelurahan tertinggal di Kabupaten Kutai Kartanegara dengan metode HDBSCAN. Parameter Mpts yang digunakan adalah 2 sampai dengan 6. Berdasarkan hasil analisis cluster yang terbentuk pada pengelompokkan desa/kelurahan tertinggal di Kabupaten Kutai Kartanegara dengan menggunakan metode HDBSCAN adalah sebanyak 3 cluster. Cluster 0 beranggotakan 19 desa/kelurahan, cluster 1 beranggotakan 4 desa/kelurahan sedangkan cluster 2 beranggotakan 61 desa/kelurahan. Berdasarkan analisis, desa/kelurahan yang masuk dalam cluster 1 bisa menjadi sasaran utama pemerintah dalam memberikan bantuan dan pembangunan sarana/prasarana daerah.