RIZA WIDIATI. Analisis Keragaman Beberapa Genotipe Durian (Durio zibethinus Murr.) Menggunakan Penanda Molekuler Inter Simple Sequence Repeats (ISSR). Fakultas Pertanian, Universitas Mulawarman, 2020.
(dibawah bimbingan Nurhasanah dan Widi Sunaryo).
Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui keragaman dan tingkat kekerabatan beberapa genotipe durian berdasarkan penanda molekuler ISSR (Inter Simple Sequence Repeats).
Penelitian ini menggunakan 12 primer ISSR untuk menganalisis keragaman dan kekerabatan 11 genotipe durian yang ada di Kalimantan Timur yaitu durian Matahari, Monthong, RinBud, Aspar, Manjar, Salisun, Kani, Ligit, Sunan, Berayut, dan Tembaga. Tahapan penelitian meliputi: pengambilan sampel, ekstraksi DNA (Deoxyribonucleic Acid), uji kualitas DNA, dan amplifikasi DNA menggunakan PCR (Polymerase Chain Reaction).
Hasil amplifikasi DNA 11 genotipe durian dengan menggunakan 12 primermenghasilkan 513 pita DNA, dengan 80 lokus yang terdiri dari pola pita polimorfik sebanyak 68 lokus dengan 381 pita atau sebesar 85.00%. Pita monomorfik sebanyak 12 lokus dengan 132 pita atau sebesar 15.00%. Kedua belas primer ISSR yang digunakan menghasilkan pola pita polimorfik sebesar 60
sampai 100% dengan rata-rata persentase polimorfisme sebesar 83,59%. Hal ini menunjukkan bahwa tingkat polimorfisme yang dihasilkan menunjukkan bahwa kedua belas primer yang digunakan cukup efektif dalam menganalisis keragaman genetik tanaman durian.
Koefisien kemiripan genetik 11 genotipe durian berkisar antara 0,463 sampai 0,775 yang menunjukkan bahwa keragaman genetik berdasarkan penanda ISSR adalah berkisar 45-78%. Hasil analisis gerombol berdasarkan pola pita ISSR pada nilai kemiripan sekitar 63% memisahkan 11 genotipe durian menjadi empat kelompok yaitu kelompok A meliputi genotipe Matahari, Rinbud dan Kani,kelompok B meliputi Monthong dan kelompok C meliputi Ligit, Tembaga, Sunan dan Berayut, serta kelompok D meliputi genotipe Aspar, Manjar dan Salisun. Keempat kelompok tersebut memisahkan durian asal Indonesia (kelompok A, C dan D) dengan genotipe durian asal Thailand yang berada di kelompok B. Nilai kekerabatan tertinggi ditunjukkan oleh pasangan genotipe Rinbud dan Matahari dengan koefisien kemiripan 0,775 serta nilai kekerabatan terendah ditunjukkan oleh genotipe Salisun dan Berayut dengan koefisien kemiripan 0,463.
Kata kunci : Durian, ISSR, amplifikasi, pita DNA, kekerabatan.