Hal ini terkait dengan dampak anggaran terhadap akuntabilitas pemerintah, sehubungan dengan fungsi pemerintah dalam memberikan pelayanan kepada masyarakat. Berkaitan dengan penggunaan anggaran untuk merealisasikan setiap program kerja Badan Pengelolaan Kawasan Perbatasan Pedalaman dan Daerah Tertinggal Provinsi Kalimantan Timur wajib membuat laporan. Laporan Realisasi Anggaran (LRA) yang dipublikasikan pemerintah daerah memberikan informasi yang sangat bermanfaat untuk menilai kinerja keuangan daerah. Jika dibandingkan dengan neraca, laporan realisasi anggaran menduduki prioritas yang lebih penting, dan laporan realisasi anggaran ini merupakan jenis laporan keuangan daerah yang paling dahulu dihasilkan sebelum membuat laporan neraca, laporan operasional serta laporan arus kas. Anggaran dalam pemerintah merupakan tulang punggung penyelenggaraan pemerintahan dan pembangunan daerah.
Dari hasil penelitian analisis varians (selisih) anggaran belanja Badan Pengelolaan Kawasan Perbatasan Pedalaman Dan Daerah Tertinggal Provinsi Kalimantan Timur pada tahun 2011 sebesar 79,19%, pada tahun 2012 sebesar 80,58%, padatahun 2013 91,88%, padatahun 2014 sebesar 91,77%, dan pada tahun 2015 sebesar 92,50%. Kinerja anggaran belanja pada Badan Pengelolaan Kawasan Perbatasan Pedalaman Dan Daerah Tertinggal Provinsi Kalimantan Timur dari Tahun Anggaran 2011 sampai dengan Tahun Anggaran 2015 menunjukan kinerja yang baik dikarenakan adanya penghematan penggunaan realisasi anggaran. Analisis pertumbuhan belanja secara terperinci bahwa belanja tidak langsung dan belanja langsung dari tahun 2011 – 2015 mengalami fluktuasi di setiap tahunnya, halinidisebabkanjumlahanggarandanrealisasi yang
berubah-ubah di setiap tahunnya. Sedangkan rasio efisiensi belanja pada Badan Pengelolaan Kawasan Perbatasan Pedalaman Dan Daerah Tertinggal Provinsi Kalimantan Timur selama tahun 2011 – 2015 dikatakan masuk dalam kategori efisiensi karena kurang dari 100%.