Analisis cluster merupakan analisis yang bertujuan untuk mengelompokkan data (obyek). Metode multiscale bootstrap pada analisis cluster digunakan sebagai cara untuk melihat kevalidan dari hasil analisis cluster. Cara kerja dari multiscale bootstrap pada analisis cluster adalah mengambil sampel yang telah dibootstrap kemudian satu dari hasil resampling bootstrap yang dianggap telah mewakili distribusi data asli. Penelitian ini menggunakan data indikator kemiskinan di Kalimantan Timur tahun 2016. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk melihat hasil pengelompokkan data indikator kemiskinan di Kalimantan Timur tahun 2016 menggunakan metode multiscale bootstrap. Hasil penelitian dengan menggunakan metode multiscale bootstrap menghasilkan empat cluster yang terbentuk. Cluster pertama terdiri dari dua Kabupaten/Kota yang memiliki persentase indikator kemiskinan terendah yaitu 49,32%, Cluster kedua terdiri dari lima Kabupaten/Kota yang memiliki persentase indikator kemiskinan tertinggi yaitu 53,39%, Cluster ketiga terdiri dari dua Kabupaten/Kota yang memiliki persentase indikator kemiskinan cukup tinggi yaitu 51,46%, Cluster keempat terdiri dari satu Kabupaten/Kota yang memiliki persentase indikator kemiskinan cukup rendah yaitu 51,02%.