Penelitian ini dilakukan untuk mengetahui komposisi jenis lamun, produktivitas primer yang dihasilkan oleh padang lamun melalui biomassa, kerapatan setiap jenis lamun serta menganalisis hubungan antara jenis lamun, kerapatan dan biomassa di Teluk Balikpapan. Penelitian dilaksanakan pada bulan Oktober – Desember 2016, pengambilan data spesies, kerapatan dan sampel biomassa dilakukan secara acak pada 7 stasiun lokasi padang lamun yaitu Tempadung, Pulau Balang, Berenga, Pulau Koangan, Pulau Kedumpit, Tanjung Batu dan Sungai Wain. Uji MANOVA dan Korelasi dilakukan untuk melihat perbedaan dan hubungan antar variabel uji. Terdapat 5 jenis lamun yang ditemukan dalam penelitian ini, yaitu Halodule pinifolia, Halophila minor, Halophila ovalis, Thalassia hemprichii dan Enhalus acoroides. Produktivitas primer atau biomassa total tertinggi terdapat pada Sungai Wain dengan nilai sebesar 2572,7 gr/m2. Analisis data menunjukkan bahwa jenis lamun memiliki pengaruh terhadap kerapatan dan biomassa lamun.