Penelitian mengambil sungai Mahakam sebagai objek. Kasus memburuknya air sungai Mahakam diduga dipengaruhi oleh kegiatan bukaaan permukaan alam di sekitar DAS yang tidak terkendali dan sangat massif oleh kegiatan tambang, perkebunan dan kehutanan. Penelitian ini menggunakan bantuan program QUAL2Kw versi 5.1 untuk menghitung beban pencemaran yang masuk ke sungai. Pada awal pembangunan model dilakukan trial and error hingga diperoleh model yang mendekati (sesuai) kondis yang sebenarnya, setelah model tervalidasi, maka model dapat digunakan menghitung macam skenario.
Pada penelitian ini menggunakan data kualitas air pada dua musim yaitu musim kemarau dan awal musim penghujan dengan parameter kunci kualitas airyang digunakan adalah TSS, BOD dan COD dengan 3 skenario . Pada metode QUAL2Kw menggunakan skenario 1 menjelaskan tentang pencemar kosong, skenario 2 untuk menjelaskan Reduksi 30% dari beban pencemaran pada point source dan pada skenario 3 Baku Mutu Air Limbah Domestik pada point source.
Hasil dari perhitungan daya tampung beban pencemaran sungai Mahakam pada musim kemarau untuk parameter TTS adalah 1,972Kg/Hari, BOD adalah 1,728Kg/Hari dan COD adalah sebesar 2,592Kg/Hari. Sedangkan perhitungan daya tampung beban pencemaran pada awal musim kemarau untuk parameter TTS adalah 1,728Kg/Hari, BOD adalah 1,728Kg/Hari dan COD adalah sebesar 2,592Kg/Hari.
Kata kunci: Sungai Mahakam, QUAL2Kw, Kualitas Air, Daya Tampung Beban Pencemar