Structural Equation Modeling (SEM) merupakan analisis multivariat yang digunakan untuk menganalisis hubungan variabel secara kompleks antara variable laten dengan masing-masing indikatornya. Pada analisis SEM terdapat beberapa asumsi seperti normalitas dan multikolinearitas. Untuk data yang tidak memenuhi asumsi kenormalan maka metode estimasi parameter yang baik digunakan adalah Weighted Least Square. Tujuan penelitian ini untuk mengetahui pengaruh antara variabel kompetensi pegawai dan fasilitas terhadap kualitas pelayanan di Perpustakaan Universitas Mulawarman. Selain itu juga ingin mengetahui masing masing indikator tiap variabel yang paling berpengaruh terhadap variable latennya. Penelitian ini menggunakan sampel 100 mahasiswa yang mengunjungi Perpustakaan Universitas Mulawarman. Hasil dari penelitian bahwa ada pengaruh antara variabel kompetensi pegawai dan variabel fasilitas terhadap variable kualitas pelayanaan. Selain itu indikator yang paling dominan dalam mengukur variabel kualitas pelayanan adalah indikator responsiveness dengan estimasi parameter 0,93. Variabel kompetensi pegawai yang paling dominan dalam mengukur adalah indikator knowledge dengan estimasi parameter 0,85.
Sedangkan indikator yang paling dominan dalam mengukur variabel fasilitas adalah indikator peralatan dengan estimasi parameter 0,88.
Kata Kunci : Fasilitas, kompetensi pegawai, kualitas pelayanan, SEM.